在使用管道式永磁除鐵器的過程中，必須定期做好清理工作，管道式永磁除鐵器的清理步驟如下：在對管道式永磁除鐵器進行清理時，首先要將磁芯固定螺絲給擰開，將磁芯取出，對吸附在磁棒表面的鐵雜質進行清理，然后再把磁芯安裝到筒體中，進行固定，在對磁芯進行安裝時要檢查密封墊圈是不是完全卡在墊圈的卡槽內，避免墊圈錯位引起工作過程中物料泄露。在對磁棒表面的鐵雜質進行清理時，可以使用厚的棉手套、抹布及托盤等工具，有需要時，可以用水進行清洗。
     管道式永磁除鐵器的清理頻率要根據所處理的物料中鐵雜質的含量多少、每小時物料的處理量等參數來確定，通常磁棒表面吸附的粉狀鐵雜質厚度不宜超過10毫米，要定期及時加以清理，以保持其最佳的使用效果。